《史记》版本大致分出4系。
第一系：宋刻十行本。
第二系：约有4种，分别为南宋绍兴年间杭州十四行刊本；南宋孝宗年间建阳刊本；南宋绍兴十年朱中奉刊十二行本；南宋绍兴年间淮南东路转运使司刻九行本。
第三系：为集解索隐二家注本，现存2种，一种是南宋淳熙二年张杅刻本，一种则是南宋淳熙八年耿秉重刻张杅本。
第四系：现存最早的是南宋乾道七年蔡梦弼刻二家注本，此后又分为2支。
第一支较为简单：南宋庆元二年建阳黄善夫刊三家注本、元彭寅翁刻本、明廖铠刻本、明柯维熊刻本、明王延喆刻本、明秦藩刻本、清同治年间崇文书局覆刻王延喆刻本、清同治年间金陵书局刻张文虎校本。
第二支较为复杂，这一支的起头是蒙古中统二年刻本，由中统本出的有明游明刻本、明建阳慎独斋刻本、明建宁官刊本以及元大德年间刻本。而从大德本又分出明南京国子监刻本和北京国子监刻本。而清乾隆四年武英殿刻本则从北监本出。此外还有一系即明末汲古阁十七史本，此本为单集解本，据说源自宋刻，但具体底本不详，据此本重刻的则有清同治年间五局合刻二十四史本（金陵书局刻）。
