麝香龟在水温低于10℃时就会进入冬眠的状态。它们在野外时，冬眠都是钻进河底的淤泥里。虽然人工饲养不能给它们提供一样的环境，但是饲养者可以准备好一些合适的材料，垫在它们的身下，如果没有合适的材料，可以使用毛巾或软布来代替。只要能保证环境潮湿即可。
麝香龟在进入冬眠后就不会再进食了，饲养者需要在它们进入冬眠前就给它们补充好食物。虽然它们在进入冬眠后排泄物会减少，但是饲养者也需要定期给它们换水，避免水质恶化。麝香龟在冬眠时水位不能太高，过高的水位容易使它们感冒，所以在它们进入冬眠后的时间里，水位都不需要太深。
