按中国动物地理区划系统，哀牢山自然保护区属东洋界、中印亚界、西南区、西南山地亚区。哀牢山的特有动物有：1.国家Ⅰ级保护动物
黑长臂猿、菲氏叶猴、云豹、绿孔雀、黑颈长尾锥。
2.国家Ⅱ级保护区
猕猴、短尾猴、穿山甲、黑熊、大灵猫、小灵猫、斑林理、金猫、水鹿、林麝、驚羚、斑羚、鸾鸯、雀鹰、黑兀鸾、蛇雕、红腹角难、白鸭、原鸡、白腹锦鸡、掠背田鸡、模尾绿鸠、厚嘴绿鸠、緋胸魏踏、大緋胸鹤踏、灰头鹤賴、小鸦鸦、褐翅鸦齡、红角鸦、领角鸦、雕鸦、领聘鹤、斑头鸭鹤、鹰镇、黑胸蜂虎、绿喉蜂虎、绿胸八色鸫 、眼镜蛇、眼镜王蛇。
哀牢山的特有植物有：云南铁杉、黑德木、鹿啃木、倒卵叶石栎、吴茱萸叶五加、珍珠花、革叶杜鹃等。
云南哀牢山特有动植物品种有三耳兔、高山黄芷
