两者的区别在于活珠子是十二天左右的正在孵化中的鸡蛋，而毛鸡蛋则是孵化不成功的鸡蛋。
1、胚胎发育时间不同虽然毛蛋和活珠子都是未发育成功的鸡胚胎，但两者鸡胚胎的发育时间会有所不同，其中活珠子是十二天左右的正在孵化中的鸡蛋，而毛蛋是各种原因导致孵化不成功的鸡蛋，并且活珠子是经传统孵化发育人工阻止发育的鸡胚胎，因其发育中囊胚在透视状态下形如活动的珍珠，所以被称为活珠子。
2、外形不同活珠子一般无毛或者只有少量细微的绒毛，而毛鸡蛋的毛比较多；并且活珠子一般会有一个蛋白硬块，而毛鸡蛋没有。
3、味道不同活珠子烹饪后味道更加鲜美，且营养价值更高；毛鸡蛋的味道闻起来不是很好闻，所以通常会需要添加较多的香料来进行烹饪食用。
