卡卡西一行人随之返回木叶，小樱将赤砂之蝎临死说出的情报交给了纲手，要求前往天地桥，鸣人随即知道，纲手同意了，但是卡卡西尚未出院，必须找到新的同伴。
纲手的决定遭到顾问小春和炎的反对，认为在这种时候派遣人柱力出任务十分不明智，一番谈判后双方妥协，同意让鸣人出任务，但同时团藏要求在卡卡西班两名空缺名额中指定一人。
在路上见到丁次和鹿丸的鸣人遭受陌生少年的攻击，卡卡西班集合时，发现新来的同伴中就有袭击鸣人的少年，名为佐井，佐井嘲笑鸣人弱小，新队长大和努力调和，一行人吵吵闹闹上了路。
对佐井十分反感的鸣人为了佐助，决定把佐井当同伴看待，到达天地桥后，大和扮成蝎的样子，蝎的探子果然来了，竟然是兜，众人大惊，药师兜袭击蝎，大蛇丸也随之出现，原来药师兜彻底投靠了大蛇丸···双方发生激战，鸣人变身妖狐，大蛇丸不敌，小樱也被失去理智的鸣人伤到了，佐井趁机接触大蛇丸传达团藏的话,大蛇丸佐井药师兜三人随之撤走，鸣人清醒后知道自己伤了小樱后悔不已，三人决定继续追踪。
到达大蛇丸巢穴的佐井终于见到了传说中的佐助，以鸣人小樱出言试探，佐助毫无反应，催促大蛇丸赶快修炼。小樱和鸣人赶来，抓住了佐井，佐井嘲笑他们和佐助之间的感情，小樱则从佐井的画册中看到了佐井心底的羁绊。
佐井是暗部人员，从小接受黑暗的训练，唯有一个陌生的男孩和他互相扶持，二人兄弟相称，就在佐井想将画册送给哥哥之前，哥哥却病死了，佐井也在训练中渐渐遗忘了羁绊的感情···鸣人说他最想得到佐助的认可，死也不会放弃。
药师兜看见被绑起来的佐井，相信他是团藏的代表而不是小樱他们的同伴，救下佐井后药师兜对鸣人说佐助已经彻底变了，人都是会改变的，佐井从背后偷袭药师兜将他制服，对鸣人说很想看看他们之间的羁绊，也许这样就会想起自己的羁绊····
四人寻找佐助过程中遭遇大蛇丸，鸣人挡住大蛇丸，佐井去找佐助，后来其他人却发现佐井真正的目标却是暗杀宇智波佐助。
佐助终于出现了，小樱怒斥佐井想要暗杀佐助，佐助却说佐井同样的天真，说什么想要挽回佐助和鸣人之间的羁绊一类的废话，三年不见的佐助实力突飞猛进，发现并震散了鸣人体内的九尾，鸣人不是其对手，眼睁睁看他与大蛇丸从容退去。
回到村子的鸣人接到新任务前往火之寺，发现“守护十二士”四人的尸体被盗，并与神秘人物发生激战，大和队长发现神秘忍者目标是火之寺的少年空，于是将空带回了木叶，守护十二士曾经因为理念不同而互相残杀，最后只留下阿斯玛与火之寺主持地陆，阿斯玛和空相处甚欢，告诉他他的父亲和马是个为了理念而死的英雄，随即出现的神秘人却说阿斯玛是杀害和马的凶手。
空偷听暗部谈话被发现，愤怒责问阿斯玛，阿斯玛承认自己杀了和马，一场新的危机展开，早有预谋的忍者与毁灭木叶，使火之国仅仅保留大名，所有忍者都参加了战斗，最后小樱顺利看破幻术杀掉了一个忍者，鸣人和阿斯玛都成功战胜了对手，唯有空狂性大发，欲毁灭一切。
原来空会发狂的原因是有人把九尾的一部分封印进他的身体，希望让他成为毁灭木叶的兵器，鸣人怀着相同的痛楚，希望把空唤醒，结果体内九尾发生了共鸣，一番挣扎后，鸣人对同伴的执着压住了体内的九尾，空也被鸣人感动醒了过来，回复后的空决定游历一番，找到自己的羁绊，鸣人说木叶永远欢迎他回来。
纲手得到晓的消息决定主动进攻。阿斯玛和鹿丸，出云，子铁，井野，丁次等人分成小队前往火之寺探听消息，推断出两名晓的成员将前往换钱所，阿斯玛和鹿丸，出云，子铁与晓正面遭遇，其中名为飞段的一开始就被击中要害，却没有死，另一个人角都从换钱所出来，认出阿斯玛在悬赏上价值3500万两，飞段想要一个人搞定阿斯玛一组，角都同意了。
争斗中，飞段的身体忽然变色，得意的说仪式完成，用兵器刺自己的身体，阿斯玛的相同部位亦受伤，飞段欲把兵器刺入心脏，鹿丸及时用影子绞首术困住飞段，苦苦思索解开诅咒的方法，终于及时发现了飞段诅咒的秘密，一旁观战的角都惊讶于鹿丸的聪明才智，摆脱诅咒的阿斯玛砍下了飞段的头颅。
阿斯玛一行人刚刚松了口气，飞段的头颅在地上大喊大叫起来。角都嘲笑飞段的托大，帮飞段把脑袋接回身体，飞段对付阿斯玛，角都对付其余三人。其他小组终于赶来援助，角都与飞段也收到封印尾兽的任务离去，阿斯玛却因为受伤过重，在三个弟子的眼泪中过世了···
鹿丸把阿斯玛过世的消息告诉了红老师，又一次葬礼开始了，鹿丸没有出息，在父亲的激励下，鹿丸终于悲痛失声，在房间里嘶喊痛哭……悲痛欲绝的第十组不约而同的为复仇做准备，纲手欲阻拦，第十组却表示无论如何也要报仇，卡卡西及时出现，表示愿意和第十组一起去，纲手只得放行。
鹿丸将拟定策略告诉众人，复仇之战开始，鹿丸用影子术束缚了飞段和角都的行动，角都的手却可以随意脱离身体，逃离了鹿丸的控制，影子术在一段时间后失效，卡卡西虽然毁掉敌人的心脏，却发现敌人一共有五个心脏，并且会使用各种属性的忍术，众人陷入苦战。
鹿丸决定把二人分开，又一次以影子术困住飞段，带离战场，并设计使飞段诅咒了角都，虽然如此，卡卡西还是陷入苦战，千钧一发之际，练成新术的鸣人出现，杀掉了角都，而鹿丸也用早就布置好的陷阱把飞段炸的支离破碎然后埋入深坑。复仇之战结束了，鹿丸默默为老师祝福，回到木叶后，对怀孕的红老师说要努力成为优秀的男子汉，等阿斯玛和红的孩子长大后成为他的老师。
一名暗部人员神秘失踪，最后的消息是关于大蛇丸的。镇守实验室的大蛇丸手下红莲接到命令，在属下一番厮杀后挑选几人去完成任务——护送名为幽鬼丸的孩子，前往指定地点。
第八班雏田等人前往，遭遇劲敌，于是李和宁次天天随之援救，鸣人发现幽鬼丸是曾经遇到的孩子，因为他说过“思念你的人的所在就是归宿”，幽鬼丸把照顾他的红莲当成归宿，红莲也对幽鬼丸格外照顾。红莲和药师兜本是去封印三尾，结果被木叶忍者打断，红莲发现幽鬼丸失踪的母亲是自己所杀，后悔不已，发誓保护幽鬼丸，最后木叶因对三尾无能为力而返回，幽鬼丸与红莲遁走，去过自己想要的生活。
大蛇丸欲转生，佐助趁他虚弱的时候进攻，一举将大蛇丸吞噬封印。大蛇丸基地中鬼灯水月，香磷，重吾和佐助组成鹰小组，以佐助为首，目标是杀掉宇智波鼬！
当年中忍考试的所有木叶忍者，和卡卡西一起展开最大规模的搜索，势必要找到宇智波佐助或者宇智波鼬。同时鹰小组找到了迪达拉，逼问鼬的信息，战斗中迪达拉不敌佐助，选择了自爆，幸而佐助用大蛇逃脱一劫。
佐助终于在晓的据点找到宇智波鼬，然而仅仅是个分@身，留言说让佐助在宇智波一族的居住地一决生死。
鸣人在中途遇上鼬，鼬使用月读，二人进入了月读世界，鼬问鸣人为何对佐助如此执着，鸣人回答自己把他当兄弟，鼬问鸣人如果有一天佐助进攻木叶他将如何选择，鸣人执着的选择两全的答案，保全佐助，也保全木叶，鼬于是把部分能力分给鸣人，并声称希望他永远不要用到。
鼬约定与佐助在宇智波的老宅了结一切，于是蛇小组赶往木叶，鸣人一行紧追其后，被晓的成员阿飞阻拦。
到达木叶的蛇小组遇见鼬的搭档鬼鲛，鬼鲛称鼬只希望佐助一个人去，佐助决定孤身前往。鬼灯水月想得到鲛肌大刀，与鬼鲛发生争执。
兄弟之战在宇智波一族的故居展开。鼬与佐助使出幻术，争斗中，鼬告诉佐助万花筒写轮眼的另一个秘密：木叶创始人之一，也是宇智波前人的宇智波斑与其弟弟杀了最重要的人，开启了万花筒写轮眼，并因此征服了其他家族，最后和当时最强的千手一族，共同创立了木叶，但是宇智波斑的眼睛却失明了，原来万花筒写轮眼有一个致命缺陷——拥有者最终会走向失明一途，为了自身利益，他抢夺了弟弟的眼睛，无意得到了永恒的万花筒写轮眼。宇智波斑还是当年唤醒九尾的幕后黑手，是他的同伴恩师等等。
鼬声称自己放过佐助是为了得到他的眼睛，并挖下了佐助一只眼睛。佐助看破了鼬挖掉自己的眼睛是个幻术，两人随即激战，其中鼬使出天照，佐助利用自然之力制造雷电，鼬不得不使用须佐之男，最后佐助因为无法压制大蛇丸，大蛇丸再次出现，鼬自语说：“该出现的总算出现了。”用十拳剑封印了大蛇丸，移除了佐助的咒印。
做完这一切的鼬慢慢向佐助走去，佐助以为鼬来挖他的眼睛，但已经无力抵抗，鼬却点了点他的额头，微笑的死去了，兄弟两人倒了在一起……
观战的绝认为鼬的动作没有往日灵活，随即赶去通知鬼鲛与阿飞，阿飞于是抛下木叶一行人带走佐助，鸣人到达的时候只看见一片废墟，不禁懊恼伤心……
阿飞带走佐助，告诉失魂落魄的佐助鼬的真相。为了取信佐助而摘下面具，使用了写轮眼，不料竟遭到佐助眼睛里“天照”的攻击。阿飞惊叹于鼬考虑之周到，告诉佐助，他从来都不了解自己的哥哥。
阿飞的身份，原来竟然是宇智波斑，当年木叶创立后，千手柱间和宇智波斑是木叶村村长最大的竞争者，最后由千手一柱间出任初代火影，宇智波斑认为千手一族迟早会把宇智波一族赶出木叶，为此打算发动政变，不料属下亲人厌倦战争，纷纷背叛了他，宇智波斑黯然离开木叶，后来回来报复时，与千手柱间在终焉之谷决战，所有人都以为宇智波斑死在了那里。后来九尾被唤醒，因为传说唯一唤醒九尾的力量就是写轮眼，木叶高层怀疑是宇智波一族的阴谋，不仅加强监视，还将宇智波一族迁往村子偏僻角落。宇智波一族逼迫之下，真的决定追随宇智波斑的脚步，发动政变，夺回村子的领导权。
而鼬就是其中的牺牲品。承担了双目间谍的角色，承担了屠杀一族的叛忍，成为晓的一员，这一切，都是他的任务。
佐助听闻这一切，崩溃般不愿意相信。阿飞提醒他回忆那个温柔的哥哥，佐助想起一幕幕往事，难以承受的认为阿飞与鼬两人合伙欺骗他。
阿飞将他绑了起来，佐助责问为什么宇智波鼬会背叛一族，阿飞回答说宇智波鼬经历过忍界大战，见过太多的死亡，幼年的创伤使得当时四岁的他后来成长为一个爱好和平的男人，把村子的安定放在第一位。木叶高层利用这一点，命令他成为监视宇智波一族的双面间谍，并下达了将宇智波一族抹杀的残酷命令。
考虑到宇智波一族的叛变必然引起村子里力量的削弱，火之国的实力也会受损，各国也会趁机进攻，可能会演变成又一次战争。鼬无奈的接下了命令，并与宇智波斑取的联系，以不进攻木叶为代价，联手屠杀了宇智波一族。
唯有唯一的弟弟，无论如何也下不了手，为了让弟弟强大，而给他定下了报仇这个人生目标，在叛逃的时候，鼬已经决意要死在弟弟的手中。
佐助不能接受，反驳鼬不是一次次要杀死他，甚至使用了天照么？阿飞提醒他，鼬的真正目的是什么，佐助想起鼬喃喃自语的那句话，原来鼬逼他用出所有力量，是为了讲他身体里的大蛇丸彻底封印。不仅如此，鼬曾经私下向三代火影求情，希望不要将真相告诉佐助，威胁团藏不得向佐助下手，在三代死后，他现身木叶则是为了警告木叶高层，他还活着。就连战斗也是他计算好的，身患重病的鼬，为了封印大蛇丸，逼他使用全部力量，为了他能得到万花筒写轮眼，临死前点他的额头将瞳术注入他体内，为了他能得到木叶的尊敬，让他杀死身为叛忍的自己……
佐助站在大海边，想起童年哥哥的一幕幕，和他在庭院中捉迷藏，背着他回家，回绝他的要求是笑着一次次说，“原谅我，佐助，下一次吧！”在廊下告诉他，作为哥哥，即使被憎恨也要走下去……当年的话语与鼬临死前踉跄走过来的画面重合，他终于看到了哥哥在临死前的话语：“原谅我，佐助，没有下一次了……”佐助潸然泪下，他不能原谅以牺牲哥哥为代价得到和平的木叶，决意报复木叶，把小组改名为“鹰”，目标是摧毁木叶······
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同好，握手~累死我了···
