代管科室与直管科室最主要的区别在于：行政隶属关系不同。代管双方无行政隶属关系，直管双方具有行政隶属关系。
由于行政隶属关系不同而成为代管和直管，因而有以下主要区别：
1、管辖获得方式不同。代管权的获得方式通常由合同约定，直管下辖权的获得是由职责任务规定。
2、管辖范围大小不同。代管的管辖范围通常只能是合同约定范围之内，直管下辖的管辖范围是则由职责任务规定的上级认为需要由其管辖的范围，比代管范围大。
3、管辖时间长短不同。代管的时间通常由合同约定，一般都是有不确定因素或者随时都有可能解除合同、取消代管的，直管下辖权由职责任务规定，时间是长期的相对稳定的，一般没有解除权限的可能。
