对接的简要步骤：
1. 准备两个蛋白质的文件。这些文件可以从文件菜单中的“打开”选项中打开，选择两个蛋白质的文件并保存。
2. 进入EasyDock软件的主界面。在主界面中，您可以选择“对接”选项，然后选择“蛋白质-蛋白质对接”或“蛋白质-配体对接”。
3. 设置对接参数。在对接参数设置中，您可以设置一些选项，例如距离、角度和约束力等参数，以确保对接结果的准确性和可靠性。
4. 开始对接。在设置好对接参数后，您可以选择“开始对接”选项，然后等待对接完成。
5. 查看对接结果。在对接完成后，您可以查看结果并选择最佳的对接结果。
6. 保存结果。如果您找到了最佳的对接结果，您可以保存该结果，以便于后续分析和研究。
总之，使用EasyDock软件进行蛋白质对接是一项相对简单的过程，只需要准备好两个蛋白质文件，设置对接参数并开始对接即可。
MOE分子对接教程
1.在MOE窗口open打开一个有小配体的蛋白（PDB或moe文件）点击Compute→prepare→Protonate3D（使质子化）点击OK。打开SEQ面板删去水分子和与小配体无关的其他杂配体或离子在MOE窗口右边点击SiteView点击System，改变配体颜色使得小配体显示绿色C骨架在MOE窗口点击Surface→recepter在MOE。
接下来对接一个小配体点击Compute→dock在Recepter选项选择Recepter+Solvent其它选择默认值。点击Run。在表单你会看到有不同的构象对接结果，包括RMSD值。
2.创建一个药效团模型在MOE窗点Compute→Pharmacophore→QueryEditor点击R，这样会创建基于受体的药效团特征。点击口袋中显示的小球，然后点击feature，这样在对接口袋就会显示药效团。
3.化合物数据库的对接关闭PharmacophoreQueryEditor面板在MOE窗口点Compute→DockOutput选项选择一个对接结果数据库名字，这里命名moe_dock2Receptor选项为Recepter+SolventLigand选项为MDBFile,选择要对接的pde5inhibitors.mdb(这里说明一下，mdb格式是MOE独有的，用的不多，但是可以将常用的sdf和mol2格式转化为mdb格式，方法为将sdf或mol2文件用MOE打开成表单。
