孔子的祖上是宋国的贵族，先祖是商朝开国君主商汤。周初三监之乱后，为了安抚商朝的贵族及后裔，周公以周成王之命封商纣王的亲兄长微子启于商丘建立宋国，奉殷商祀。微子启死后，其弟微仲即位，微仲是孔子的十五世祖。
六世祖得孔氏，称孔父嘉。孔父嘉是宋国大夫，曾为大司马，封地位于宋国栗邑（今商丘夏邑），后来在宫廷内乱中被太宰华督所杀。孔父嘉子木金父，木金父生孔防叔，孔防叔的孙子叔梁纥就是孔子的父亲，叔梁纥为避宋国战乱逃到鲁国的陬邑（今山东曲阜）定居，其官职为陬邑大夫。
叔梁纥的正妻施氏，生了九个女儿却没有一个儿子，小妾为他生了长子孟皮，孟皮有足疾，叔梁纥很不满意。于是叔梁纥请求颜氏让她三个女儿之中的一个立为妾，颜氏念叔梁年老且性情急躁，于是征求三个女儿的意见。长女和次女都不同意，只有小女儿颜徵在愿嫁叔梁纥。
颜徵在时年不满二十岁，而叔梁纥已经六十六岁，年龄相差悬殊，两人为婚于礼不合，夫妻在尼山居住并且怀孕，故谓之“野合”。孔子在鲁襄公二十二年十月（儒略历公元前551年；格里历公元前551年9月28日。关于孔子出生年月有两种记载，相差一年，一般依《史记·孔子世家》说。）申时于陬邑昌平乡诞生。
孔子生而七漏，头上圩顶（yú dǐng，意为头顶凹陷），而又因其母曾祷于尼丘山，故名“丘”，字“仲尼”。
