1、磁力离心泵的效率比普通离心泵低，不能在流量低额定流量的30%下运行，更禁忌空转。
2、磁力离心泵由于隔离套材料的耐磨性一般较差，因此磁力泵一般用于输送不含固体颗粒的介质并严禁磁性颗粒材料进入泵内。
3、一般结构的磁力离心泵，允许输送含直径小于0.15mm（100目），质量分数不超过5%的固体颗粒的液体（超过时需要加辅助系统）。
4、泵与电机有联轴器链接，联轴器对中心线安装要求精度较高，对中不当时，会导致进口处轴承的损坏和防单面侧漏隔离套的磨损。
5、磁力离心泵的磁力驱动器，有同步传动和异步传动两种方式，同步传动的内，外磁转子都装有永磁体，故输送液体的温度必须低于永磁体允许的最高温度。必须留有一定的富余量，钴、钐永磁体虽然可以达到350摄氏度，但是实际使用温度一般不超过260摄氏度，否侧高温可能造成永磁体失磁，特殊结构的磁力泵最高可到达450摄氏度、
6、磁力离心泵对隔离套的材质及制造工艺要求较高，如果材料选择不当或者制造质量差时，隔离套经不起内外磁转子的磨损而产生磨损，一但破裂，输送的介质就会外溢，造成设备故障，影响装置正常运行。
7、磁力离心泵输送接介质温度超过规定时，需有外部提供冷却，如设置隔热腔，泵腔内注入压力高于密封压力的冷却液，冷却内磁转子和轴承，也可采用带夹层的隔离套，夹层内通入冷却液，或泵体设置冷却夹套和冷却盘管等，单结构复杂，成本较高。
