甲基硫菌灵能和高锰酸钾混用。
甲基硫菌灵可与多种杀菌剂、杀螨剂、杀虫剂混用，但要现混现用。不能与铜制剂、碱性药剂混用。
甲基硫菌灵长期单一连续使用，病菌会产生抗药性，降低防治效果，应与其他药剂轮换使用。但多菌灵、苯菌灵和甲基硫菌灵不得轮换使用，因为它们之间有交互抗性。
多菌灵与甲基硫菌灵能混用。多菌灵化学性质稳定，可与一般杀菌剂或者生长调节剂、叶面肥混用，但与杀虫剂、杀螨剂混用时要随混随用。
因为多菌灵遇到碱性物质容易分解，所以不能与石硫合剂、波尔多液以及其他铜制剂混用，以免降低药效或产生药害。 多菌灵是最常见的杀菌剂，又名棉萎灵，属于广谱性杀菌剂。 甲基硫菌灵商品名甲基托布津，是一种广谱性内吸低毒杀菌剂，具有内吸、预防和治疗作用。它最初是由日本曹达株式会社研制开发出来的。能够有效防治多种作物的病害。
