配子组合数是指在遗传学中，由两个个体的配子组合形成的可能性数量。计算配子组合数需要考虑每个个体的基因型和基因的分离规律。
对于每个基因，如果两个个体都是纯合子（AA或aa），则只有一种可能的配子组合；如果一个个体是纯合子，另一个是杂合子（Aa），则有两种可能的配子组合；如果两个个体都是杂合子，则有四种可能的配子组合。将每个基因的配子组合数相乘，即可得到总的配子组合数。例如，对于两个基因，一个纯合子个体和一个杂合子个体的配子组合数为2×2=4种。
例如：杂合子（Aa）自交，求自交后代某一个体是杂合体的概率。
对此问题首先必须明确该个体是已知表现型还是未知表现型。
（1）若该个体表现型为显性性状，它的基因型有两种可能：AA和Aa。且比例为1∶2，所以它为杂合子的概率为2/3。
（2）若该个体为未知表现型，那么该个体基因型为AA、Aa和aa，且比例为1∶2∶1，因此它为杂合子的概率为1/2。
配子在生物计算中占有相当重要的地位，通过遗传图，能够清楚的观察出基因的流程及子代基因型的情况。
子一代杂种形成配子种数与杂交中包括的相对性状对数关系为2的n次方（n为相对性状对数）生物体在形成配子时，成对的遗传因子彼此分离，分别进入不同的配子中。配子中只含有每对遗传因子的一个。
