二冲程柴油机基本是大型船用柴油机，其工作原理与四冲程柴油机基本版相同，都是由换气过程权和压缩膨胀过程两部分组成，只不过是在两个冲程里完成：进气压缩冲程，做功排气冲程。上死点前压缩、上死点后燃烧膨胀做功。分横流扫气和直流扫气两种结构。横流扫气是在气缸中部设有扫气口，活塞下行做功直到缸套上排气扫气口打开，开始排气，再下行至进气扫气口打开开始进气，活塞下行到下死点再返回到扫气口均关闭时开始压缩，上死点前达到高压状态后喷油燃烧，再次做功。直流扫气机型在缸盖上设有排气门，缸套中部设有进气扫气口，进入的空气随活塞上行时压缩，可以有少量从排气门排出，使换气充分。
二冲程柴油机与汽油机不同，没有曲轴箱预压缩扫气，而是采用涡轮或罗茨压气机供气。
