冬季水溶氧量比夏季大、甲鱼休眠期呼吸微弱，所以只靠喉咙部的鳃状组织等辅助呼吸器官进行呼吸就可以满足生存的需要。甲鱼冬眠也就潜到10到15厘米深的泥沙中，那里不缺少水溶氧。
水底以下1米深的泥土中空气几乎不能存在。甲鱼有冬眠习性。每年11月中旬到次年的4月中旬前后是甲鱼的冬眠期，生长期间主要以肺呼吸，当水温低于15℃时，甲鱼就潜入池底淤泥开始冬眠。
除了在热带生活的甲鱼不需要冬眠外，其他地区的甲鱼都需要进行冬眠，冬眠开始的时间根据环境温度的不同而不同，当甲鱼冬眠时，它们会潜入水下的泥沙中一动不动，靠自己的副膀胱吸收水中的氧气存活。
不过，如果是要养殖甲鱼，而且密度较大的话，在甲鱼冬眠之后，如果水面冰封，必须要在冰面上开多个孔，这让水中的氧气含量维持在一个相对高的标准下，这样有利于甲鱼的呼吸。
