在播种之前需要对南瓜种子进行一定消毒和催芽处理。现将南瓜种子放入55度左右的温水当中浸泡15分钟左右，期间不断的搅拌。然后取出种子放入常温的清水当中浸泡8小时左右，取出种子放入1%的高锰酸钾溶液当中浸泡消毒20分钟左右。然后将种子取出来擦干水分后放入铺有湿布的恒温箱当中催芽，一般两天左右南瓜种子就会露出白头，这时候就能够进行播种了。
将营养土均匀的铺在育苗穴盘当中，每个育苗格子当中放入一粒贝贝南瓜种子，覆盖上一层薄土，厚度在0.5公分左右，有条件的种植户可以铺上一层蛭石，保障穴盘的水分不流失，可以再覆盖一层地膜，提高发芽速度。
贝贝南瓜的种植时间可以分为春、秋两季，春季种植是从上一年的11月份就可以开始准备了，在4月份时就会有大量的贝贝南瓜上市。秋季种植是在7月份就可以开始准备了，在11月份就可以采摘上市。
