一）颁发证书不同
1、免联考硕士：大多数免联考硕士获得的是学位证书，部分符合中留服条件的国际免联考项目可以获得双证。
2、联考硕士：由国内录取学校颁发学历、学位证书。
（二）授课方式不同
1、免联考硕士：免联考办学更注重实战和体验，开放式的教学，更多的让学生参与，并解决工作中遇到的问题；免联考教育可以被看做是一种职业训练，通过商业案例分析教学，实战观摩等手段来提高学员的分析决策等方面的能力
2、联考硕士：联考的项目以传统讲授，应试教育为主，注重考试，主要是针对于理论研究和探讨的深度进行深入挖掘。
（三）录取方式不同
1、免联考硕士：报考免联考一般由院校自主确定考试录取方式，更侧重于学生的工作背景和发展潜质。
2、联考硕士：报读国内联考的学员必须参加12月份的联考，国家对不同地区的高校有不同的最低录取分数线，更侧重于应试能力。
（四）学员构成不同
1、免联考硕士：免联考的招生对象一般对工作经验有硬性要求，一般针对经验在3-10年的在职人员，联考硕士研究生可以招收应届毕业生，也可以招收在职人员，而且大部分的专业对于工作经验这方面都是不设限制的。
2、联考硕士：联考的学生相对较年轻，刚毕业不久，应试能力较强。
（五）学制要求不同
1、免联考硕士：通常学制在1-2年。
2、联考硕士：学制一般在2-3年。
考试方式：在职研究生联考是通过参加统一的考试来选拔研究生，考试内容包括综合素质测试和专业课程测试。而免联考是指在职人员通过工作经验和学习成果来申请研究生学位，不需要参加统一的考试。
考试内容：在职研究生联考的考试内容主要包括综合素质测试和专业课程测试。综合素质测试一般包括政治理论、外语、数学等方面的考试内容，专业课程测试则是根据不同专业设置相应的考试科目。而免联考则不需要参加统一的考试，申请人主要通过提交工作经验、学习成果和推荐信等材料来评估其研究生入学资格。
适用对象：在职研究生联考主要适用于已经参加工作并希望通过研究生学习提升自己的在职人员。而免联考则适用于在职人员或有一定工作经验的人员，通过工作经验和学习成果来申请研究生学位。
学习方式：在职研究生联考的学习方式一般是以兼职或业余的形式进行，学员需要在工作之余参加课程学习。而免联考的学习方式相对更加灵活，可以根据个人的时间安排自主学习。
