手机恢复出厂设置不可以代替刷机，两者是不同的操作。
手机恢复出厂设置是把手机返回到刚刚出厂时候的状态，删除掉手机使用过程中安装的应用程序、拍摄的照片和视频、保存的音乐、以及系统和应用产生的缓存，但恢复出厂设置并不会影响到我们手机的操作系统（ROM）本身。
而手机系统刷机则是将手机上的操作系统重装，在改变手机操作系统的情况下，恢复手机到最原始的状态，因此两者有着本质的不同，无法相互替代。
恢复出厂设置
恢复出厂设置是手机制造商为用户提供复原手机状态的一种方法，包括恢复预置APP、系统UI、桌面图标排列及一些常规设置。
对于一部无硬件故障的手机来说，恢复出厂设置的风险较小，只需要按照提示，备份可用数据即可直接在手机上操作。恢复出厂设置后，手机系统状态会处于初始状态。
通过恢复出厂设置可以清除所有已安装的APP，但是预置APP在恢复后会重新回到桌面。对于已经ROOT的系统来说，恢复出厂设置无法清除通过ROOT安装的APP。
刷机
刷机是指使用特定的方法，通过改变手机的操作系统及版本来达到一些预期的需求，也可能称为重装系统。比如一部开机定屏的手机，因为软件故障无法正常开机，这时就需要通过刷机来尝试解决。
一般情况下，通过对刷机工具的设置，在为手机写入ROM前，刷机工具会格式化存储器，这样手机就可以得到一个全新的操作系统。
刷机又分为线刷和卡刷两种方式。
1）、线刷
线刷通常依靠电脑辅助完成，利用数据线将手机与电脑连接，再使用相应的刷机软件将固件写入手机硬盘。
2）、卡刷
卡刷是指将安装包存入介质并接入手机，利用手机系统自带的安装程序将ROM文件写入手机硬盘，本质上讲与前者并无太大区别。
在条件允许的情况下，通过刷机可以随意的更换手机系统的版本，也就是常说的升级与降级。相比恢复出厂设置，刷机可以解决更多的软件故障。
哪些情况下需要刷机
简单的讲，凡是恢复出厂设置无法解决的问题，都可以通过尝试刷机来解决，这样的问题大致如下：
1、手机ROOT后，想要恢复出厂状态
手机获取ROOT权限后，通过第三方软件修改了系统核心功能，这时若想恢复出厂设置，即使已经解除ROOT权限，也是无济于事。因为通过ROOT修改的系统功能是不可逆的，只能通过重装系统来解决。
2、所有（疑似）软件故障引起的运行报错、死机、重启、定屏等问题
软件故障千变万化，凡是使用恢复出厂设置无法解决的问题，都可以尝试使用刷机来解决。如果刷入多个版本，依然无法解决问题时，就需要考虑手机硬件部分的故障。
3、忘记解锁密码
多数品牌手机解锁密码时可以通过进入Recovery恢复出厂设置进行解决，但是随着众多品牌手机系统安全性能的提升，进入Recovery时同样需要密码才能操作，因此只能使用刷机来解决这个问题，当然一些具有更高安全系数的手机，必须拆机并使用专用仪器。
4、降级
通过OTA升级新版本后出现BUG或不兼容等情况时，需要对手机系统进行降级操作。
5、系统被木马、病毒篡改
这种情况，通常可以先尝试恢复出厂设置并格式化内部存储器，倘若恢复后系统仍然存在异常，就需要进行刷机。
总结
可以看出，恢复出厂设置与刷机并不是同一个层次上的概念，前者只能解决一些显而易见的问题，相对操作风险较低；刷机虽然可以解决因为软件引起的所有故障，但是相对恢复出厂设置而言难度增加，且具有较高的风险，因此在操作时需谨慎。
