原因主要有以下几个：
第一，体内所含微量元素、致色离子金属离子和有机色素种类和含量不同会影响其颜色。比如说黑蝶贝产生的珍珠就是黑色，而白蝶贝产出的则是南洋白珠。
第二，不同种类的蚌或贝也会产生不同颜色的珍珠。这与基因有关。比如说，白皮肤的人生出来的娃是白色，黑皮肤的人生出来的娃皮肤就是黑色的。即便他们颜色的深浅有差异，但是他们的本质是一样的。这个原理在珍珠来说也是通行的，比如说黑蝶贝产生的珍珠就是黑珍珠，金蝶贝产生的珍珠就是金珠，白蝶贝产出的珍珠就是南洋白珠。
第三，在养殖过程中环境因素也对颜色产生影响。例如光照时间和强度、水域类型等都可能改变其颜色深浅。
第四，对于水温环境，不同的珍珠对于水温的要求是一样的，在不同的水温下面，长得好与不好，也会影响珍珠的颜色。
