加油站的行业主管部门有多个，不同方面的管理部门不同：
- 建设方面：归经贸委和建设局管理。
- 日常批发零售业务：归商务局管理。
- 环保和安全生产：归环保局和安全监督执法局管理。
加油站经营的产品属于国家规定的易燃易爆的危险化学品，从选址建设标准和要求，安全经营和消防安全要求，产品质量，加油器具计量，产品3C认证，环境污染等方面分属不同的部门管理，导致加油站面对的监管部门不统一，需要各部门配合才能保证加油站的正常安全经营活动。
加油站的行业主管部门，建设方面经贸委和建设局，日常批发零售业务主管部门是商务局，加油站的环保和安全生产归环保局和安全监督执法局两个部门管理。
加油站监管部门主要包括：
加油站所在地的工商行政管理部门、安全监管部门、消防安全部门、计量质量监管部门、环境保护部门、税务部门、防雷电的气象部门等。
现在一般的加油站都有非油业务经营烟草、食品饮料，所以，也会受到烟草和食品安全监管部门的监管。
