组织结构图的连线通常使用流程图软件或绘图工具完成。首先，确定各个部门和职位的位置，然后在它们之间用线条连接起来。线条可以表示直接上下级关系，也可以用不同颜色或粗细来区分不同类型的关系。在连线时，要注意布局的清晰和美观，避免出现交叉或混乱的情况。
连线完成后，可以添加箭头指示方向，使组织结构图更加直观易懂。
组织结构图的连线一般分为垂直线与水平线。垂直线表示下属与上级之间的关系，起点在下属方框上，终点在上级方框上；水平线表示同级之间的关系，一般用班线相连；组织结构图各阶层方框之间的连线，一定要清晰明了，每一个方框与其它方框之间的连线都要直截了当，美观、简练，具有良好的视觉效果。在连线时要注意方向和顺序，以便清晰地反映出组织的层次和关系。
