故宫作为我国的著名古建筑，也受到了不少的破坏。
首先是战争年代，社会动乱，人们生活自顾不暇，古建筑自然不可避免受到破坏或者盗窃。
第二就是人们活动的破坏。比如曾经在故宫拍摄电影，剧组造成的房屋破坏。
第三就是人们工作参观游览产生的损耗。
因为太平天国定都南京，所以明故宫被毁。
清朝咸丰三年3月29日，太平天国定都南京，改名天京，但没有使用南京故宫作为宫殿基址，而是在两江总督府衙旧址的基础上修建新宫，此间拆取南京故宫大量石料和砖瓦。至太平天国灭亡时，南京故宫的宫殿和宫墙已基本无存。
清朝同治三年7月19日，天京失守，随后湘军攻破天京后，太平军放火烧城，湘军在大肆抢劫后也到处纵火，南京故宫再次遭到破坏。
