东京市区内没有机场，附近主要的机场为东京湾岸的东京国际机场（羽田机场）和成田国际机场。
位于都心部南边东京湾岸的东京国际机场（羽田机场），过去曾为日本国内航线与国际航线班机共用的起降机场，定期航线方面已转为专供国内航线班机起降，维持日本国内航线枢纽的地位；国际航线部分则仅剩包机业务。
至于国际定期航线班机，则已全数移至位于东京都以东的千叶县境内，距离都心部约65千米的成田国际机场（过去亦称为“新东京国际机场”）起降；此外亦有极少数国内航线班机于成田机场起降。成田机场与都心部之间有JR、京成电铁的铁道路线连结，亦有高速巴士往返于两地之间。
