支付系统的数据流可以分为基于商家转发的和非商家转发的两种模式，本系统根据目前我国电子商务交易采用基于非商家转发的模式，从客户发起购买请求到客户收到商品、商家收到资金，完成整个交易过程，需要经过如下的支付流程:
1、用户浏览电子商务网站，选者中意的商品，向商家提出购买请求。
2、商家将经用户核对后的订单进行数字签名，提交到支付系统。
3、支付网关调用支付界面，要求用户填写帐户信息。
4、用户用支付系统的支付网关的公开密钥对帐户信息进行加密，传递给支付系统的支付网关;
5、支付系统支付网关核对用户提供的帐户信息进行数据转换，通过金融专网或者专线发给金融机构，要求核对用户帐户信息。
6、金融机构将核对的结果和用户用于支付确认的信息传递给支付系统。
7、支付系统将金融机构传递来的用户支付确认信息传递给支付确认系统，要求进行支付确认。
8、支付确认系统接收到要求确认的信息后，进行支付确认预处理，然后按事先选择好的确认方式通知用户(实时确认、分时确认)进行确认。
9、用户根据选择的确认方式，进行相应的确认资料的填写，填写好后提交给支付确认系统。
10、支付确认系统比较金融机构和用户提交的支付确认信息，如果一致则进行下一步的确认，否则返回错误，最后支付确认系统将确认结果返回给支付系统支付网关。
11、确认成功，以E-MAIL的方式告知用户他的支付请求被认可，资金己经从他的帐户上划出，否则以E-MAIL的方式告知用户，他的支付请求不被认可。
12、确认成功，数字签名金融机构的返回结果发送给商家，并通知商家发货，否则通知商家交易失败;
13、确认成功，要求金融机构划款。
14、金融机构返回数字签名的划款信息，完成交易
