灵魂（soul）是由蛋白质、DNA、RNA等生命大分子构成的生物体所产生的各种层次的一切生命现象，它依生命大分子、细胞、组织、器官以及生物体本身新陈代谢存在而存在。科学给出灵魂科学定义，意义在于引导人们破除迷信，正确认识生命以及生命现象。
经科学推测距今二万五千年至五万年前之人类，已具有灵魂之观念，或人死后灵魂继续生活之观念。然大抵而言，原始人所具有的简单古朴之灵魂观念，往往含有强烈的物质性格。直至宗教、哲学渐次发达之后，人类之灵魂观始趋向非物质化之“精神统一体” 。例如某些宗教、哲学相信灵魂可以独存于肉体死亡以后，进而视之为不朽的精神实体。盖承认灵魂存在，虽一般被认为是人类生活之要素，能主宰人类之知觉与活动。据近代考古学为许多宗教、哲学、社会学所主张，然论及其特质、本源、究极，则有极大之分野。有主张其与精神或心意等同义者，如灵魂生活（soul-life）一语，殆与精神生活、心意生活等义无有分别。而主张灵魂说（Soul Theory）者，若自其所说之身、心关系而言，则立足于二元论；若自精神之体、用关系而言，则立足于实体论。近世哲学出现现象论、现实论、唯物论等学说，则大抵反对宗教灵魂存在。
目前，没有人知道灵魂真正存在的详细真相，可历史的印记是不可否认的，其有待于科学的进一步研究。
