整个游戏暗示的故事背景比较少，但是根据整体的游戏流程和角色透露的只言片语，可以大体推断出整个故事的背景。
游戏讲述了曾经有一个神奇的国家，依靠一种叫作“神圣几何”的宝物输送能量，维持整个王国的运行。但是王国的公主艾达，仅仅因为好奇便盗走了神圣几何，顷刻间整个王国分崩离析，化为了各种几何纪念碑。国王大臣全部丧命，王国的居民也遭受了神圣几何的诅咒，亡灵化为了恐怖的乌鸦人，被困在纪念碑里无法逃出。
公主艾达这时才意识到自己闯下弥天大祸，悲伤过后，决定只身前往迷雾重重的纪念碑谷，归还神圣几何，这就是游戏的开始了。游戏中玩家通过不断改变视觉，帮助艾达解开“神圣几何”设下的迷阵，最终将手中的几何体复位。
游戏中有一个章节，艾达没有去归还几何体，而是来到了王国的地下墓室。在去往地下墓地的途中，艾达遇到一面镜子，镜子里的她是一只带着王冠的白鸟，这也暗示了艾达的结局。
在墓室里，密密麻麻的石棺令人触目惊心。艾达径直来到国王的墓前，献上鲜花，祈祷父王和居民们的灵魂可以得到安宁，也表达了自己誓要将神圣几何全部归位的决心。
最终，艾达闯过重重难关，终于将几何体全部归位。艾达见到了自己的父亲，被困在纪念碑谷里的乌鸦人也得到了救赎，化为五彩的鸟儿飞向天空。国王将王位传给了艾达，艾达也化身白色的鸟儿，与居民们一起飞离了受诅咒的纪念碑谷。
小公主艾达因为好奇而盗走了王国的神圣几何，这一看似无害的行为却使得整个王国的人全部灭亡。明白了自己错误的公主开始了一段归还神圣几何的旅途，请求宽恕和原谅。不过为时已晚，国土中民众的亡灵已经化为乌鸦人，在王国内四处徘徊，被束缚着，无法离开这片土地（游戏中乌鸦人沿着固定的路线行走）。小公主艾达身后有巫师的法术，所以不会死亡。在归还几何体的路途中，遇到了帮手图腾。当艾达公主经过皇家陵墓时，她为国王献上鲜花，痛苦忏悔，誓言要将几何体归还。几何体全部复位后，王国的百姓们看到了小公主艾达的行动，宽恕了小公主艾达。并变成了五颜六色的小鸟。此时，艾达公主发现其实是灵魂体，但在天上的国王看到艾达的行动，决定传下王冠让艾达继承王位，艾达化身白鸟，和百姓们离开了碑谷。
