九寨沟水体色彩形成的实质,是水体选择性吸收效应及大气和水体的瑞利散射效应的产物。景区内水质值主要为7.3-8.5,偏弱碱性,属碳酸盐型水,降水的溶蚀力较强，有利于高寒岩溶水在饱气带运移过程中对碳酸钙的溶解。
而碳酸根 含量升高,又增加了微量元素的溶解。
由于区内有丰富的Cr、Ni、V、Mn、Co等元素物质来源,在特定的偏碱性还原环境下,可能部分呈低价离子形式进入水体,而这些微量元素阳离子大多具有染色性。
因此,进入水体中的元素离子呈现蓝、绿、紫等色。
九寨沟的水清澈，来自雪山，一点儿污染也没有，水底又含有矿物质，所以在阳光下会呈现五彩缤纷，靛蓝、浅绿、火红等等极其妖艳又丰富的魔幻般的色彩。7种和彩虹的颜色一样。
因为湖底有着丰富的泉水，而且存在长期补给的恒温水源，因此，即使到了冬天或是干旱季节，五花海的湖水也会一直保持不变。
