1.选抗病品种。不同品种对枣疯病的自然抗性有明显差异。圆红枣、壶瓶枣抗病性很强，九月青、鸡心枣、大白铃枣、大雪枣抗病性较强，长红枣、小圆铃枣、冬枣、婆枣、赞皇大枣、扁核酸、灰枣抗病能力最差，易感病。此外，可利用抗病酸枣品种或抗病的大枣品种作砧木，培育抗病枣树。
2.加强栽培管理。对枣园要增施有机肥及磷钾肥，提高枣园树体抗病能力。酸性土壤适量施用石灰对该病有一定作用。枣园边不栽松、柏、桑、泡桐等树，严禁间作芝麻。
3.及时防治媒介昆虫，切断传播途径。
4.轻病树的防治。在秋分前后锯掉病枝，将病枝从基部锯除。7~8月及时去掉病芽。随时清除病树、病枝、病蘖，消灭病原。在树冠下挖30~40厘米深环沟，切断侧根，中止病原物运输、上传，1个月后往沟内施肥、灌水、回填土。
5.砍伐重病树。挖出病树时，应将大根刨净，以免再生病糵。如果一株树只有一个病枝，不要只去病枝不刨树，否则常常会造成扩散病原的恶果。病原体会随着枝叶枯干而死亡，不会再次扩散传播，因而刨倒的病树不必烧毁处理。
