1、性质不同：秘书只是一个岗位，助理则是一个职务；
2、权力不同：秘书没有表面上的权力，不可以直接领导别人，但实质上秘书因为经常是代表总经理，提出的意见往往代表总经理的意见，大家都要照着做，就有“见官大一级”的说法，而助理因为有职务，则有一定的管理权力，有“助理矮半级”的说法；
3、工作职责不同：秘书和助理各有各的工作职责；
4、服务对象不同：秘书只为总经理服务，而且一切围绕总经理转，而助理是总经理的助手，还要为其他部门服务（因为要管理）；
5、作用不同：秘书是桥梁，是纽带，是传话筒，而助理则是一个执行者，一个管理者与被管理者，一个参谋。
总经理助理是协助总经理工作的，实际上就是相当于副总经理，比总经理级别低一点，倒也是有相当的管理权限的。秘书只是为总经理服务的，没有管理权限。
