在发病初期喷洒70%乙磷·锰锌500倍液，或72.2%普力克水剂800倍液，或50%福美双可湿性粉剂500倍液，或75%百菌清可湿性粉剂700倍液，或25%甲霜灵可湿性粉剂600倍液，或50%甲霜铜可湿性粉剂600倍液，或64%杀毒矾可湿性粉剂，或50%敌菌灵可湿性粉剂500倍液，或72%霜克可湿性粉剂600倍液，或50%退菌特可湿性粉剂500倍液，或72%克露可湿性粉剂750倍液等药剂。
在使用农药的同时，改善生态环境也很重要。实行地膜覆盖，减少土壤水分蒸发，降低空气湿度，并提高地温。进行膜下暗灌，在晴天上午浇水，严禁阴雨天浇水，防止空气湿度过高和叶片表面结露。这样才能更好防治南瓜霜霉病。为其提高南瓜产量和品质。
