水经氯消毒后往往会产生多种有害物质，尤其是“三致”作用的消毒副产物，如三氯甲烷、氯乙酸等。许多氯化消毒副产物在实验中证明具有致畸性、致突变性、致癌性、神经毒性作用等； §，长期饮用氯化水对生殖也有影响，可能引起自然流产、早产和死胎以及出生缺陷，也可能造成新生儿体重太轻，早熟或胎儿生长延迟等； §液氯不能有效杀灭隐孢子虫及其孢囊。
二氧化氯消毒灭菌效果好, 有机副产物少, 毒性较轻, 但其主要无机副产物为亚氯酸盐（ClO2- ）、氯酸盐（ClO3-）等, 其中亚氯酸盐毒性较大, 可能对血液中红细胞有影响, 国外研究雌鼠饮用含有高浓度亚氯酸盐的水,生产的幼鼠体重轻, 并有死胎。
