水库清淤需要向县级以上地方人民政府水行政主管部门写清淤申请书等待批准。
《中华人民共和国水法》第二十五条：
地方各级人民政府应当加强对灌溉、排涝、水土保持工作的领导，促进农业生产发展；在容易发生盐碱化和渍害的地区，应当采取措施，控制和降低地下水的水位。
农村集体经济组织或者其成员依法在本集体经济组织所有的集体土地或者承包土地上投资兴建水工程设施的，按照谁投资建设谁管理和谁受益的原则，对水工程设施及其蓄水进行管理和合理使用。农村集体经济组织修建水库应当经县级以上地方人民政府水行政主管部门批准。
小型水库清淤，由村委会提出申请，乡镇政府农办审核，报县水利局批准。
