1、概念不同
连锁店是指众多小规模的、分散的、经营同类商品和服务的同一品牌的零售店,在总部的组织领导下，采取共同的经营方针、一致的营销行动，实行集中采购和分散销售的有机结合，通过规范化经营实现规模经济效益的联合。
分店是针对主店来说的，主店之外下设的同类店，在经济上有附属关系，在管理上有一定的隶属关系，在品牌和产品上有授权关系。
2、体系不同
分店的形式主要是主店的附庸。连锁店可分为直营连锁（由公司总部直接投资和经营管理）和特许加盟连锁（通过特许经营方式的组成的连锁体系）。后者是连锁经营的高级形式。 连锁店的形式可以包括批发、零售等行业，以至饮食及服务行业都可以连锁式策略经营。
3、经营特点不同
连锁店具有经营理念、企业识别系统及经营商标、商品和服务、经营管理四个方面的一致性，在此前提下形成专业管理及集中规划的经营组织网络。
利用协同效应的原理，使企业资金周转加快、议价能力加强、物流综合配套，从而取得规模效益，形成较强的市场竞争能力，促进企业的快速发展。未来零售业不论走向何方，都将迈向连锁经营。
两者主要的区别是其投资方的所属 分店的投资者是总店或企业内部人员 连锁店的投资者则属总店或企业以外的人员个人认为开分店不如叫连锁店规模大些
