不同品种的猫眼睛颜色都不同，其实猫眼睛的颜色并不多,一般都是蓝色、黄色、绿色、浅棕色、琥珀色、紫钢色这几种而已。猫眼睛颜色不同的原因是出于品种的不同，或同一品种中个体的猫对色素的吸收和储存的能力不一样。不同颜色的色素沉积在各种猫的眼底视网膜上，使它们视网膜上颜色各异。我们所看到的猫眼睛的颜色，其实就是透过透明的角膜看到的猫眼底视网膜上的颜色。小幼猫眼睛都有一层蓝膜，看上去是蓝灰色的眼睛，但长大后蓝膜慢慢会消失，眼睛还原为品种应有的颜色。
首先，虹膜色素沉淀和蓝光反射决定了猫科动物的眼睛颜色。虹膜的色素沉淀是由黑色素导致的，并且颜色排列从柠檬黄到淡褐色到深橙色或是棕色。虹膜色素沉淀和透明结构色素都是由染色体上不同位置的多个多基因控制的。基本上，小时候虹膜天蓝色或者浅蓝色的，大了还是蓝色;小时候虹膜蓝灰色，大了以后不太会出现蓝色，但是是黄色还是绿色或者黄绿说不定，终归于它原本的品种应有的眼色素。
