通常池塘里面都是有很多菌种的，有益菌与有害菌都同时的存在，只不过在外界干扰下或者水体溶氧变动情况下它们数量就会发生改变，数量多的一方就会逐渐成长为水体中的优势群体。我们需要的是有益菌种，所以需要控制有害菌的数量，尽量培养更多的有益菌。
在养殖池塘，虾塘里面有益菌主要是通过我们施加菌种进入池塘的。平常主要施加的菌种有：
光合菌：光合菌可以通过母液来进行培育，培育的时候只需要准备好母液以及培养基就可以。光合菌的主要作用就是在水体中制造溶氧，改善水质。
EM菌：EM菌是我们使用的最多的底改剂，具有很好净化水质、增加溶氧、降低氨氮亚盐浓度等作用。它含有多种有益菌，比如有乳酸菌、酵母菌、芽孢菌等菌种。目前EM菌有粉剂、水剂以及干冻粉剂的，我们可以用原药剂通过红糖水来培养更多的EM菌液。
硝化细菌：硝化细菌它能够将亚硝酸盐转化成硝酸盐，它的最主要的作用就是防止池塘里面亚硝酸盐超标，避免鱼虾出现亚硝酸盐中毒问题。
