长江三峡大坝对于生态的破坏作用微乎其微。虽然阻碍了一些鱼类的洄流，但是却又“制造”了另外一些鱼类喜欢的产卵点，相反，长江三峡大坝建成之后，对于中长江中下游的生态还起到了保护作用。
三峡大坝建成后，极大地缓解了中下游枯水期的缺水状况，而且还改善了水质。过去三峡大坝没有建城的时候，中下游进入枯水期之后水位很浅，不仅不利于船只的航行，更会给中华白鳍豚等鱼类造成危害。更重要的是进入枯水期后，由于三峡大坝的调节功能，极大地改善了中下游的长江水质。
三峡大坝的水力发电是我国目前最大的“绿色能源”。随着我国工业和各种社会事业的发展，电力紧缺成为困扰国民经济发展的重要因素。三峡大坝建成之后，极大地缓解了电力紧缺的情况。相比于火力发电，不仅浪费煤炭等资源，而且污染特别严重，三峡大坝是水力发电，属于绿色纯净能源。
最显而易见的是，由于长江三峡大坝建成之后，对于洞庭湖还有其他的湖泊起到了保护作用，对于这些湖泊周围的湿地等生态起到了保护作用。
