采收黄连通常在移栽后第五年收获，一般于10～11月进行。选晴天先拆除荫棚，然后用二齿耙挖出全株，敲落根部附土，齐根基部剪去须根，齐芽苞剪去叶片，即得鲜黄连，分别收集根茎、须根及叶片，运回加工。雅连一般栽培4～5年采收。若长势旺，棚架好也可延至5～6年采收，以提高产量和质量。
一般于立冬前后采收，先拆除棚架，用钉耙或二齿耙挖起全株，抖去泥沙。
云连种后第4年即可收获，但不全部挖，而是抽挖根茎粗壮的；一般每667米2第四年收20千克，第5年收10千克。
黄连收获一般于10~11月进行，收获过早，根茎水分多，不充实，折干率低，但又不宜过迟，如迟至翌年春季雪化后收获，植株已抽薹开花，养分被消耗，根茎中空，产量降低，品质差。
黄连通常在移栽后第五年收获。据试验，黄连栽后生长满5年收获的，较4年收获的单产增加54.61%;第六年收获的，一般比第五年收获可增产10%~15%。因此不宜提前收获，但也不宜超过6年，因过分延长生长期则黄连生长势减弱，根茎易腐烂，品质差，产量下降。
