臭豆腐菌分别是曲霉和毛酶两种霉菌。
它们的蛋白酶和脂肪酶可对豆腐进行分解，发酵，同时，菌丝构成臭豆腐表面的一层膜。当然，还有其他的霉菌可用于制作臭豆腐，只是不经常使用。
据说臭豆腐这道小吃有一百多年的历史，主要的工序是先制备卤水，再用卤水发酵豆腐皮，之后炸制。这里卤水的制备是最关键的，有着专门的秘方，比如这次新闻中涉及的公司法人表示他们的卤水就用到了蘑菇、虾、田螺、香辛料。
主要的是毛酶两霉菌发酵的。
其实多种微生物参与了豆腐的发酵，如青霉、酵母、曲霉、毛霉等，但起主要作用的是毛霉。毛霉是一种丝状真菌。毛霉等微生物产生的蛋白酶能将豆腐中的蛋白质分解成小分子的肽和氨基酸；脂肪酶可将脂肪水解为甘油和脂肪酸，通过蛋白酶和脂肪酶可对豆腐进行分解，发酵，同时，菌丝构成臭豆腐表面的一层膜。
臭豆腐发酵前期是用毛霉菌种，发酵后期易受其他细菌污染，其中还有致病菌。因此，臭豆腐一次不要吃得太多，以免引起胃肠道疾病。建议，吃臭豆腐，最好购买正规厂家出产的；少吃臭豆腐，在吃臭豆腐时，最好多吃新鲜的蔬菜和水果，因为新鲜的蔬菜和水果富含维生素，特别是富含维生素C，可阻断亚硝胺的生成。
