1.
人工清除
最简单的处理方法就是人工清除。一般发现时间比较早的话，绿毛藻只是一层膜，用软布一擦就能擦掉。需要注意的是，人工清除治标不治本，不注意改善环境的话，绿毛藻还是会出现。
2.
养鱼养虾
如果不想隔三差五的清除绿毛藻，最好的方法是养一些以它为食的小鱼小虾。鱼类方面可以选择清道夫、青苔鼠、黑线飞狐等等，需要注意的是，青苔鼠只有在没长大的时候吃藻，长大后就不吃了。虾类方面比较推荐黑壳虾，很多淡水虾也会吃青苔，但混养的时候有一定风险。
3.
药物除藻
药物除藻并不是特别好的选择，因为药物其实并不能完全消灭藻类，还是会有复发的情况，而且用药太多也不利于鱼儿的健康。通常选择的药物是戊二酮，爆发藻类前，可以每100升水加入5毫升2%浓度的溶液，这样可以起到预防的作用，爆藻后每40升水就要加等量的药物才能治理。
