区别在于：
1、上市要求不同：
目前在新三板挂牌的企业是全国中小型科技公司，挂牌上市要求低，上市分层级管理，有基础层、创新层和精选层。而在A股上市有注册制和审核制两种制度，审核条件严格，必须要达到相应的条件才能在主板上市。
2、交易群体不同：
由于新三板门槛高，所以大多数是机构在交易；而在A股市场上，有机构、游资、散户、外资都能交易。
3、交易权限不同：
交易沪深主板的股票没有资金要求、科创板和创业板需要分别满足20个交易日日均资产50万、10万的资金要求以及两年的交易经验；而新三板分为基础层、创新层：开通权限前10个交易日需要分别满足日均资产：200万、100万的资金要求，以及2年的交易经验。新三板精选层的股票已经改革到北交所上市，开通门槛为20个交易日，日均资产50万和2年的交易经验。
4、交易制度不同：
新三板可以采用协议成交、做市商制度；而A股采用的是竞价交易。
