细胞质是细胞内除细胞核外被细胞膜包围的所有物质。核内和核膜内的物质称为核质。细胞质的主要成分是细胞质溶胶——一种凝胶状物质。细胞质内含物中有特定形态和功能的亚结构称为细胞器。细胞质大约有80%是水，通常是无色的。
细胞核是真核细胞中发现的膜结合细胞器。真核生物通常只有一个细胞核，但一些细胞类型，如哺乳动物红细胞，没有细胞核，而包括破骨细胞在内的其他一些细胞有许多细胞核。
细胞质基因与细胞核基因的结构上是没有区别的，都是由编码区和非编码区组成；只不过细胞质基因细胞核基因的载体不同，真核细胞的细胞质基因的载体是叶绿体、线粒体，而细胞核基因的载体是染色体。细胞核遗传和细胞质遗传各自都有相对独立性.但并不意味着没有关系：核基因是主要的遗传物质,但要在细胞质中表达,细胞质虽然控制一些性状,但还要受到细胞核的影响，所以细胞质基因与核基因是相互依存,相互制约的。
