截止2018年，南通大学有4个校区：
主校区：南通市崇川区啬园路9号
启秀校区：江苏省南通市崇川区启秀路19号
启东校区：江苏省南通市启东市西振海路111号
钟秀校区：南通市外环东路999号
学校现有4个校区，占地面积3700余亩，建筑面积近100万平方米，纸质图书约280万册。
啬园校区已经完成各类建筑总面积59万余平方米，建成了第一公共教学组团、方肇周教学楼、图文信息A楼、范曾艺术馆、纺织化工楼、逸夫教学楼、理科教学楼、学生公寓、食堂、体育教学训练馆、工程训练中心、青年教师周转公寓等23个组团和单体建筑，涵盖16个学院和27个机关部门，可容纳师生员工26000人左右。
