花椒树冬季修剪时，注意把干枯枝、过密枝、病虫枝首先剪掉，对病虫枝进行集中烧毁，是防治花椒树腐烂病、叶锈病、根腐病、吉丁虫、瘿蚊和红胫跳甲的有力措施。
老龄树的修剪：首先清除病虫枝、枯干枝，然后修剪内向枝、交叉枝、重叠枝，最后把树冠周围每一枝条顶端剪去10厘米。老树和弱树的修剪，以更新复壮为主，重缩或疏除弱小枝组。充分利用徒长枝，补充残缺树冠，保持适当地结果面积。
成年结果椒树的修剪：结果树修剪时，以维持树势健壮，调节花量为主。枝条密挤时以疏为主，疏上缓下，疏除影响光照的多余大枝，保持良好的通风透光条件。对过密、细弱、交叉、徒长或及病虫枝，也要及时疏除，使冠内枝组健壮、均衡，通风透光。注意留枝均匀，后部不要光秃。
冬季修剪：花椒树也能在冬季休眠期修剪，主要是将一些影响生长的无用枝条剪掉，通过修剪能减少养分消耗。
