在学分要求上，二者没有很大的区别；元培的毕业学分为120个，光华的毕业学分约为122个。
但是在专业课上，光华和元培光华有着一定微妙的区别：二者的培养方案大体上一致，但在少数课程的认定有些许差异，总体上二者所学的专业课是一致的。
在通识课上，元培有着自己的通识体系，分为新生讨论课、I类中国古典文明、II类西方古典文明、III类现代中国、IV类现代世界、V类现代科学，共十二学分；光华方向作为文科是这些都要学习的；光华的通识课程与学校要求一致，分为I人类文明及其传统、II现代社会及其问题、III艺术与人文、IV数学、自然与技术，一共需要修十二学分的课程。
二者都可以选择其他院系的课程、与其他学科一同进行交叉性学习，但在元培选修其他学院的课程更为容易一些。
北京大学元培学院侧重文科，光华学院侧重于理科
