很长一段时间内，海南是作为著名的流放之地而存在。自西汉以来，朝廷就在海南驻军，到元朝时，海南驻军的数量已经比较庞大。
到了明朝，在海南岛上设琼州府，直属于广东布政使司，管理崖州、万州、儋州等地。朱元璋认为海南应被平等对待，于是加大了对海南的支持和管理力度。
随着航海时代的到来，海南迎来了发展的契机，其地位也日趋重要。洪武三年，朱元璋正式将卫所制度引入海南，在海南设立东、西二所，人员主要由明军孙安部属及元朝旧军，共计两千余人组成。
洪武五年，海南卫所在琼州府东正式挂牌办公，指挥使、指挥佥事、首领经历和知事等人组成了领导班子。
海南卫所兵士除了部分明朝驻军外，大部分来源于明军击溃的元军残部和张士诚溃散的部下。

