咖啡应该储存在干燥、阴凉的地方，一定不要放在冰箱里，以免吸收湿气。咖啡豆和研磨咖啡可以冰冻，唯一需要注重的是，从冷冻柜中拿出咖啡时，需要避免冰冻的部分化开而使袋中咖啡受潮。一般来说，咖啡放在冰箱里比较好，不过时间不超过一个月，从冰箱中取出每次饮用的份量，然后在未解冻之前就开始研磨。
锡罐可使咖啡香味保留时间较长。塑胶袋也可以，但存放的量比锡罐少。真空包装更加有利于咖啡的存放，使原有风味更持久。另外还有一种包装是采用单向阀包装，这种装置有利于咖啡的二氧化碳的排出，令到咖啡的香味和新鲜度得到最大限度的保留。
