可以将有机肥应用于滴灌施肥系统。有机肥经过沤腐过滤后滴施，滴施完后保证15分钟以上的清水冲洗，滴头和过滤器无任何堵塞，滴头处也不会生长藻类青苔等植物，方便且省工。
可采用滴灌技术进行灌溉的作物种类很多，如葡萄、桃、梨、苹果、板栗、柑橘、荔枝、龙眼、火龙果等水果，番茄、黄瓜、茄子等蔬菜，在花卉、苗圃等场合也有很好的应用前景，另外粮食作物如小麦、玉米、马铃薯及经济作物如烟草、芦笋等均可使用滴灌系统。
与常规施肥方法相比，滴灌系统施肥有以下优势：
1、节省劳力
在果树的生产过程中，水肥管理耗费大量的人工。如华南地区某些香蕉产地的年施肥次数达18次之多。每次施肥要挖穴或开浅沟，施肥后要灌水。利用设施灌溉施肥后水肥同步管理，节省大量劳力。现在劳动力价格越来越高，应用灌溉施肥技术可以显著节省生产成本。
2、提高肥料的利用率
水和肥被直接输送到根系部位，可使养分充分利用和根系快速吸收。因水肥溶液在土壤中均匀分布，使得养分分布高度均匀，提高了根系的吸收效率。传统施肥和灌溉都是分开进行的。肥料施入土壤后，由于没有及时灌水或灌水量不足，肥料存在于土壤中，根系并没有充分吸收。而田间滴灌施肥系统下，氮的利用率高，可达90%，磷可达到50~70%，钾可达到95%。肥料利用率提高意味着施肥量减少，从而节省了肥料。
