区别在于：
基准点，即工程测量时作为标准的原点。
按照用途分类，有高程基准点、重力基准点、地磁基准点等。按照基准点在测量体系中所处的位置可分为相对基准点和绝对基准点。重力基准点和地磁基准点与高程基准点的含义相似，不同的是用途，重力基准点用于测量地球表面的重力变化，而磁力基准点用于测量地磁的变化。
控制点，是指如果测区没有以前的地形资料，则需详细勘察现场，根据已知控制点的分布、地形条件及测图和施工需要等具体情况，合理的拟定导线点的位置，并建立标志。
基准点是根据设备基础附近水准点，用水准仪测出的标志具体数值。周围的标高依这个设置好的点为基准。
水准点就是国家控制的，通过严格测量之后所确定的，以我国黄海平均海平面为准的控制点，用来引用测量的。
