首先，眼睛的颜色其实指的是虹膜的颜色，虹膜的颜色是由黑色素的多少决定的，基因不同，黑色素的多少就不同。除了黑色素以外，光经过散射可以形成蓝色，血液呈现红色，这些颜色多少不一，混合后，形成了各种不同的眼睛颜色。
人类虹膜的基色只有三种：褐色、蓝色和绿色。其他颜色的虹膜则是这三种颜色的变体。白化症患者则有粉红色虹膜，这是由于其虹膜中没有色素，只能显示出微血管的颜色。
人的眼睛瞳孔颜色是由虹膜的结构着色引起的，虹膜包围着眼睛中心的瞳孔，并帮助控制有多少光可以进入眼睛，控制眼睛颜色有三个因素会影响，一是黑色素在虹膜色素上皮细胞中的含量；
二是黑色素在虹膜基质的浓度；
三是虹膜基质的细胞密度。因此瞳孔颜色是不会自然变色的
