二号机和驾使员是受NERV的控制,NERV在人类补完计划(实质上就是要消灭人类的形体,让所有人的精神补完人的缺陷)实行之前被叛了SEELE,SEELE为了计划的实行决定消灭NERV.二号机为了对抗SEELE,为了人类的生存,