日本人崇拜朱鹮的历史可以追溯到奈良时代，在皇室某些重要仪式里，朱鹮羽毛是必不可少的供奉。时至今日，朱鹮色仍然是日本人民十分喜爱的颜色，甚至作为皇宫的主色调，也经常用在皇妃的和服上。日本传统歌曲中，更是不乏对朱鹮的赞颂。
有人说朱鹮是日本的国鸟，其实是谬误，日本的国鸟是绿雉，属日本特有种。
Nipponia nippon，朱鹮的学名象征着日本。这种美丽的鸟，曾经遍布日本全境。到1930年代，只有新潟县的佐渡观测到了它们的踪迹。尽管当地爱鸟人士为保护最后的朱鹮不遗余力，但2003年日本产朱鹮仍然迎来了彻底的灭绝。
日本目前的国鸟是绿雉，但历史上，朱鹮也一度被认为是日本的代表性鸟类。这种鸟在日本有自然分布，自古以来知名度就很高，朱鹮的肉在日本古代曾被作为治疗伤寒症的药物使用。
在日本的奈良时代（公元710—794年），文献中已经有了关于朱鹮记载。古籍《日本书纪》中将朱鹮用汉字写成“桃花鸟”。到了平安时代（约公元794—1192年），朱鹮被用汉字记述成“鵇”。在江户时代（公元1603年—1867年），日本曾经颁布过保护鸟兽的规定，但由于朱鹮会在水田等地寻找食物（主要吃鱼虾螺蟹、昆虫和稻谷之类），被农民们认为是害鸟，依旧会遭遇驱赶。日本明治维新（公元1868年）以后，随着经济贸易的快速发展，特别是军工产业的发展，日本对朱鹮的肉和羽毛的需求激增，民间开始大肆捕杀这种鸟。与此用时，寄生虫的侵害，农药的使用和工业重金属污染等因素也在威胁朱鹮的生存。
1920年代，日本的朱鹮已经变成了珍稀鸟类。1927年政府悬赏寻找朱鹮。1930年代朱鹮野生种群再度被发现，并于1934年被列为“天然纪念物”。二战后，日本设置禁猎区，采取了一系列诸如人工繁育的保护措施，却最终没能挽救日本本土的朱鹮野生种群。1981年，为了保护朱鹮的最后火种，五只野生朱鹮被捕捉并人工饲养——日本的野生朱鹮种群从此灭绝。2000年代，最后一只日本本土的朱鹮死亡。
其实从基因上说，日本本土的朱鹮与中国大陆的朱鹮属于同一物种，它们的线粒体DNA差异仅有0.06%左右。后期由中国引入的朱鹮在日本成功人工繁殖，并完成了野外放飞。但是，日本许多环保人士还是对本土朱鹮的消失十分懊悔和惋惜。
