各有优势
次氯酸和次氯酸钠都是通过次氯酸的强氧化性来杀菌消毒的，浓度相同的情况下，由于次氯酸钠还含有钠，需要水解后使用，因此杀菌效果不如次氯酸。
2、安全方面
合适浓度的次氯酸消毒液即使与人体接触也不会有伤害或残留不好的物质，基本无毒无害；而次氯酸钠消毒液会有一定的危害性，使用时需要做好防护措施。
3、成本方面
相对来说，次氯酸钠的制取价格更低，更容易获得。
总的来说，次氯酸和次氯酸钠用于消毒各有各的优势，不过综合考虑，还是次氯酸消毒要更好一些。
次氯酸钠好
同一元素不同价态的含氧酸盐的稳定性一般规律是 该原子价态越高，盐越稳定。 所以 高氯酸钠＞氯酸钠＞次氯酸钠 原因在于随着中心原子价态提高，它与氧原子的作用力也越强，同时酸根离子团的对称性也越高，这些因素使得酸根离子分解的难度提高，因此相应的含氧酸盐的稳定性也越高。
